Sinh ra với tên Raden Mas Rahmat, ông là con trai của Amangkurat I của Mataram và Ratu Kulon- con gái của Pangeran Pekik của Surabaya.

Amangkurat II có nhiều vợ, nhưng ông chỉ có một người con là Sutikna (sau này là Amangkurat III). Theo Babad Tanah Jawi, mẹ của Sutikna đã sử dụng phép thuật lên những người vợ khác của Amangkurat II để khiến họ không thể thụ thai.